Vuosaaren vapaaseurakunta perustettiin Helsingin vapaaseurakunnan työn tuloksena ja seurakunta itsenäistyi vuonna 2000. Tähän asti seurakunnan johdossa on ollut kaksi pastoria: vv. 2000-1 Heikki Turunen ja vv. 2002-5 Seppo Mäki. Antero Keinänen toimi seurakunnan työntekijänä 2019-2021. Kun työntekijää tai pastoria ei ole ollut on seurakunnan hallitus eli vanhimmisto vastannut seurakunnan toiminnasta. Vapaakirkossa seurakunnan vanhimmisto vastaa yleensä yhdessä työntekijän tai pastorin kanssa seurakunnan toiminnasta.
Seurakunnan jäsenmäärä on tällä hetkellä 60 henkeä. Seurakunnalla on paljon erilaista toimintaa: sunnuntaisin on jumalanpalvelus, keskiviikkoisin Rukoilemme yhdessä, tiistaisin Kohtaamispaikka, torstaisin Alfakurssi n. kerran vuodessa, Raamattu tutuksi – raamatun opiskelun ryhmä, pyhäkoulu, evankeliointi Vuosaaressa, varhaisnuorten toiminta.
Musiikki on ollut oleellinen osa seurakuntamme toimintaa. Seurakunnan keskeltä on syntynyt Pyhän Hengen innoittamaa uutta musiikkia useilta jäseniltä. Seurakunnan omaa ylistysmusiikkia on levinnyt muihinkin seurakuntiin.
Seurakuntamme on toiminut yhteistyössä muiden vuosaarelaisten seurakuntien kanssa mm. vuosaaren Ankkuriseurakunta. Olemme esimerkiksi järjestäneet yhdessä evankeliointitilaisuuksia tai osallistuneet Vuosaaren luterilaisen seurakunnan yhteiskristillisiin Kuninkaan ilta -tilaisuuksiin.